HADDOCK3 2026.10.1: checking contact restraints that were never generated
HADDOCK3 2026.10.1 fixes a silent failure in contactairs. This guide explains the selection-expression and byres changes, added tests, and which refinement or scoring jobs merit review.
参数设成 true，约束就一定生效了吗？HADDOCK3 的这次修复，值得使用接触约束进行复合物精修的研究者检查。
北京时间2026年10月18日，Bonvin 团队发布 HADDOCK3 2026.10.1，修复 contactairs 的接触约束生成问题。HADDOCK3 是用于生物大分子对接与精修的模块化平台，可结合实验信息和已有知识构建复合物模型。
开关打开，约束却没有生成
contactairs 会读取输入复合物已有的界面接触，自动生成模糊距离约束，帮助精修时维持这些接触。但官方手册说明：截至2026.10.0，残基选择存在错误，即使开启 contactairs = true，也没有生成接触约束，而且会静默发生。
问题涉及 CNS 选择表达式中 not 与 around 的优先级，导致界面残基选择为空。设置项存在，并不意味着相应约束已真正进入计算。
这次修复了什么
- 修正选择优先级。 补上显式括号，恢复正确的界面与相互作用伙伴选择。
- 按整个残基选择。 加入
byres：只要残基任一原子进入另一分子的 5 Å 范围，就将整个残基纳入界面选择。这里的 5 Å 是界面识别阈值，不是所生成约束的距离上限。 - 补充集成测试。 检查约束是否生成、界面和伙伴是否正确、同链是否排除，以及四个模块的脚本是否一致。
哪些工作流值得复核
重点检查 emref、flexref、mdref 和 mdscoring 中启用了 contactairs 的任务。2026.10.1 的这四个模块默认配置均关闭该选项，因此不能据此认定所有旧结果都受到影响。
如果关键结论依赖这些流程，建议保留原环境，在新环境中使用相同输入、参数与随机种子复跑代表性案例，比较界面构象、评分和排序。这是复核建议，并不代表升级一定提高对接准确率。
检查当前环境中的版本：
python -m pip show haddock3在另建的环境中安装本文讨论的指定版本：
python -m pip install --upgrade haddock3==2026.10.1
来源与修复范围
本文沿用2026年10月18日完成的原稿资料核查。本次发布的重点是接触约束修复，不能据此认定 GPU 张量化论文代码已发布，也不能推导出准确率、成功率或运行速度的提升。
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