BindCraft2 v1.0.4: antibody interfaces, conformation filters, and rerun guidance
A guide to BindCraft2 v1.0.4 changes in antibody interfaces, induced-fit and fold-switching filters, and large-system execution, with the limits of the reported computational examples.
2026年10月19日，Pacesa Lab 发布了 BindCraft2 v1.0.4。更新涉及抗体结合面定义、诱导契合与折叠切换筛选，以及大体系运行与任务恢复。对于曾经难以获得候选的靶点，这个版本提供了一组值得对照检查的变化。
BindCraft2 将 AlphaFold2 引导的序列优化、ProteinMPNN 重设计和独立模型复核串成流程，输出候选序列、预测复合物与排序，供后续实验筛选。
抗体要用对结合面
VHH、scFv 和 Fab 的结合面定义更明确地围绕 CDR 展开，减少非预期的框架区接触，同时允许必要的 CDR 邻近框架接触。
在官方 IL-7Rα VHH 示例中，调整结合面定义前，200 条轨迹得到 2 个通过筛选的设计；调整后，122 条轨迹得到 11 个。这是单个示例的计算筛选计数，两组轨迹数也不同，不能解读为普适命中率或实验成功率。
ARP 属于锚蛋白重复骨架，不是抗体。对应示例改为显式调用 ARP 预设，减少重复配置；上述 CDR 变化和 IL-7Rα 计数不应归给 ARP。
构象变化，重点看高置信度区域
诱导契合与折叠切换改为只在高置信度残基上衡量结构差异，减少柔性尾部造成的假象，同时调整 RMSD、TM-score 筛选阈值。
这两类任务每条成功轨迹的 MPNN 候选数由 10 增至 60，以增加保留预期构象变化的机会。候选数增加不等于六倍加速，也不直接代表实验成功率提高。
大体系更好跑，重跑仍需做对照
新版本改进大复合物的分块策略，显存不足时可回退到低内存注意力，并改善峰值显存、任务恢复和多节点协作。官方没有给出适用于所有任务的统一加速倍数。
重跑前，可以记录以下设置：
- 固定软件版本，另建结果目录，用代表性靶点与旧流程对照。
- 记录随机种子与注意力后端；后端变化可能影响结果，即使种子相同也不能保证逐位复现。
- scFv 当前建模的是两个可变域链，连接肽仍需另行设计。
- 按本次发行说明的已知限制，
fold_switch当前使用单靶点。
计算筛选通过后，结合、特异性与构象行为仍需实验验证。
来源与版本范围
本文讨论 v1.0.4，沿用2026年10月20日完成的原稿资料核查。初代 BindCraft 的 Nature 论文用于背景介绍；截至该核查日，BindCraft2 主论文仍在准备中，不能将初代论文的实验结果归给本次软件更新。本文未安装运行 BindCraft2，也未复现其性能或实验效果。
- BindCraft2 v1.0.4 发行说明
- BindCraft2 v1.0.4 代码与文档
- Pacesa Lab 的 BindCraft 介绍
- 初代 BindCraft 论文：One-shot design of functional protein binders with BindCraft
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