专题综述 | AI虚拟细胞，离“在计算机里养一个细胞”还有多远
从细胞基础模型到全细胞机制模拟，从形态、代谢、空间互作到组织与胚胎，梳理虚拟细胞的研究进展、公开数据、代码平台和比赛，辨析已验证能力与发展目标，并附参考文献与上手路径。
中文正文READ / 01
解读与实践
围绕研究问题整理方法、背景与实践记录，每篇文章都保留来源与适用边界。
8 篇文章
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AlphaFold 3 | v3.0.4 把运行门槛降下来了
想在本地运行 AlphaFold 3，过去首先要回答的往往不是“我要预测什么”，而是“我有没有一张足够新的 NVIDIA GPU”。对没有 GPU 的服务器和使用 Mac 的研究者来说，本地部署长期卡在硬件与软件栈两道门槛上。
中文正文BindCraft2 v1.0.4：抗体结合面、构象筛选与重跑指南
BindCraft2 v1.0.4调整抗体结合面、诱导契合与折叠切换筛选，并改善大体系和集群运行。结合官方示例，读懂计算结果的边界与重跑前的检查项。
中文正文微软给分子动力学按下加速键：BioEmu2能做什么，作者亲自回答
BioEmu2将结构预测、构象采样与时间推进放进同一模型。结合分子结合视频、配体诱导开合和官方评测，读懂分子动态生成的加速方式，以及作者对结合速率、膜蛋白和显卡要求的回答。
中文正文Claude成功设计蝎毒结合蛋白：主任务仅用64小时，单靶点命中率18%
面对五种蝎毒，Claude组织多种蛋白设计与预测工具，生成31万余个计算设计，最终211个候选送检、17个满足结合标准。实验也揭示了广谱设计与特异性的难点：从结合毒素到实现解毒，还需要哪些证据？
中文正文CLEAN Database：从5500万条序列中寻找候选酶
CLEAN Database提供超过5500万条蛋白序列的酶功能预测，连接功能检索、候选筛选与突变评分。了解数据库能回答的问题，以及预测置信度和ESM-2评分的边界。
中文正文HADDOCK3 2026.10.1：检查未生效的接触约束
HADDOCK3 2026.10.1修复contactairs静默不生成接触约束的问题。梳理选择表达式、byres与测试的改动，以及哪些精修和评分任务值得复核。
中文正文一图看懂 OpenAI DevDay 2026：AI 开始持续承担工作
OpenAI DevDay 的更新可以沿五条主线理解：模型与速度、持续执行、开发接口、团队协作、应用与隐私。本文用一张图梳理十五个关键进展，并区分已发布、测试预览与后续推出的能力。
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